Tous les détectives de renom savent qu'une enquête sur un meurtre conduit toujours aux questions suivantes : qui a commis le crime, comment, quand, où et pourquoi. Dans Mystery Express, ces cinq éléments se divisent en cinq catégories de cartes : Suspect, Modus Operandi, Heure, Wagon et Mobile.
Ce sont les cartes Crime.

Il y a deux exemplaires de chaque carte Crime dans le jeu (sauf pour les cartes Heure qui sont en trois exemplaires). Comme une carte de chaque catégorie est placée sous le plateau au début de la partie, votre but est de voir le plus de paires de cartes identiques pour pouvoir les éliminer de l'enquête et en déduire les cartes qui se trouvent sous le plateau. Pour les cartes Heure, il faudra naturellement voir trois cartes identiques pour pouvoir éliminer l'heure qui leur est associée.

Prenons un exemple... si au cours du jeu, vous voyez les deux exemplaires de la carte du Dr. Rajiv, vous pouvez en conclure que sa carte n'est pas sous le plateau et l'innocenter. Mais n'allez pas trop vite ! Vous avez peut-être vu la même carte deux fois de suite, ce qui ne prouve absolument rien. Le seul moyen de ne pas se tromper est de voir les deux cartes lors du même tour de jeu...

Au début de la partie, après avoir placé 5 cartes sous le plateau, toutes les cartes Crime restantes sont mélangées (sauf les cartes Heure) et chaque joueur en reçoit sept : ainsi, l'enquête commence rapidement. Avec un peu de chance, certains éléments peuvent déjà être éliminés : par exemple, cette main de départ vous permet d'éliminer d'emblée le wagon Fumoir.

Trouver l'heure du crime sera une tâche plus ardue. 8 heures du crime différentes sont envisageables, chacune existant en trois exemplaires. C'est en observant les cartes Heure que vous pourrez déduire celle qui se trouve sous le plateau - mais vous ne pourrez le faire qu'en trois occasions, à Strasbourg, Wien et Budapest. De plus, à chaque fois, vous n'aurez que le temps de jeter un bref coup d'œil sur chaque carte !

Votre main de départ ne vous fournira pas assez d'indices pour votre enquête. Au cours du jeu, vous aurez l'occasion de voir d'autres cartes, en regardant celles de vos adversaires, en en tirant de nouvelles, en discutant avec le contrôleur ou en utilisant la capacité spéciale de votre personnage...